뒷골목의 불량 소녀 니키타는 정체가 분명치 않은 비밀 정보기관에서 전문 킬러로 양성된다. 엄청난 트레이닝으로 인간 병기가 되어 버린 니키타는 이제 조세핀이라는 이름으로 바뀌어 도시에 던져진다. 임무가 주어지면 때로는 조직과 함께, 때로는 홀홀단신으로 양손에 대형 매그넘 권총을 들고 뛰어 들어가 용서 없는 숙청을 감행한다. 그러나 니키타에게 연인이 생기면서 자신의 처지에 방황하며 죄의식을 느낀다. 하지만 조직은 그녀의 변화에 대비해 또 하나의 임무를 하달한다. 그것은 바로 적성국 대사관에 침입하여 비밀서류를 사진으로 찍어 오는 일.. 니키타는 그 최후의 임무를 수행하기 위해 양손에 무기를 드는데…